Hoofdstuk 10

10.1 Bioinformatica in het nieuws

Opdracht

 

 

Bioinformatica is geregeld in het nieuws. Je merkt er waarschijnlijk niet veel van. Toch is het er, en jij gaat er naar op zoek. Samen met twee klasgenoten zoek je een nieuwsbericht waarbij bioinformatica een rol heeft gespeeld. Over dat artikel maak je een presentatie, waarbij je laat zien wat die rol kan zijn geweest. Ga als volgt aan de slag:

1. Vorm een groepje met twee klasgenoten.
2. Ga naar de achtergrondenpagina van de website http://www.allesoverdna.nl/achtergrondinfo.html.
3. Bekijk recente nieuwsberichten en kies er één die je het meeste aanspreekt.
4. Lees het artikel goed en bespreek het volgende met je groepje:

- waar gaat dit bericht over?
- wat is het nieuws van dit bericht?
- op welke manier heeft het onderzoek met DNA te maken?
- welke rol kan bioinformatica hierin hebben gespeeld?

Je bereidt samen een presentatie voor. Het doel is om je klas te vertellen waar het nieuwsbericht over gaat, wat voor onderzoek er is gedaan en wat bioinformatica daaraan heeft bijgedragen. Dat kan bijvoorbeeld door te vertellen welke bioinformatica tools mogelijk zijn gebruikt. Ook vertel je iets over wat dat onderzoek betekent of welke impact het kan hebben. Verdiep je in het onderwerp van het bericht zodat je daar iets over kunt vertellen; de website http://www.allesoverdna.nl// is daar een goede bron voor.

Je kunt een presentatie met PowerPoint geven, maar je kunt bijvoorbeeld ook een poster maken. De presentatie mag maximaal 10 minuten duren.

 

10.2 Een bioinformatica onderzoek opzetten

Inleiding

Je gaat je kennis en vaardigheden over bioinformatica toepassen door een onderzoek naar een (afwijkend) gen op te zetten. Deze sequentie zou het ziektebeeld van een patiënt kunnen verklaren. Het behandelend team van artsen hoopt erop dat ze met jouw onderzoeksresultaat de juiste behandeling kunnen starten.

Opdracht

 

 

Kies in overleg met je docent een reading frame om te onderzoeken. Je vindt de reading frames op vaklokaal NLT onder het kopje sequenties en vervolgens op 'reading frames'.

Bepaal of er een gen er in het gegeven reading frame aanwezig is en zo ja, welk. Ga na of de eventuele genvariatie (afwijking) in het gegeven reading frame leidt tot een functioneel afwijkend expressieproduct, d.w.z. een eiwit dat zijn taak niet kan vervullen

Werkwijze

Ga als volgt aan de slag:

1. Formuleer de onderzoeksvraag/vragen en maak een lijst van de stappen die gezet moeten worden om de onderzoeksvragen te beantwoorden. Neem hierin in elk geval de casusvragen op, die hieronder staan.

2. Maak een werkplan waaruit duidelijk wordt welke stappen gezet moeten worden en welke tools je daarbij gaat inzetten.

3. Voer het onderzoek uit en verwerk de resultaten.

4. Maak een verslag volgens de richtlijnen ‘werkinstructie onderzoeksverslag' in de NLT Toolbox.

 

Casusvragen

Je gaat het gekozen/toegewezen reading frame met behulp van de geleerde vaardigheden onderzoeken. Deze DNA-sequentie is weergegeven in de 5'-3' richting. De volgende vragen en opdrachten dienen in het verslag, volgens gegeven richtlijnen, uitgewerkt te worden:

- Hoeveel OLR's met een minimale grootte van 300 nucleotiden zijn er aanwezig binnen het opgegeven reading frame?
- Bepaal binnen het gekozen/opgegeven reading frame het grootste OLR fragment. Geef dit aan in het gegeven FASTA-bestand.
- Uit hoeveel nucleotiden bestaat dit OLR?
- Wat is het stopcodon van het gevonden OLR?
- Vertaal de gevonden mRNA-sequentie naar een aminozuursequentie.
- BLAST de aminozuursequentie.
- Gebruik de gevonden internationale gennaam en internationale codering om te weten te komen op welk chromosoom dit gen is gelegen en welke functie het heeft. Gebruik hiervoor de website NCBI Entrez Gene.
- Wat zou het gevolg van een fout in deze sequentie kunnen zijn? Tip: kijk bij de omschrijving van het gen bij ‘Summary' of ‘Bibliography'.

  • Het arrangement Hoofdstuk 10 is gemaakt met Wikiwijs van Kennisnet. Wikiwijs is hét onderwijsplatform waar je leermiddelen zoekt, maakt en deelt.

    Auteur
    Bètapartners Je moet eerst inloggen om feedback aan de auteur te kunnen geven.
    Laatst gewijzigd
    2015-04-24 09:45:19
    Licentie

    Dit lesmateriaal is gepubliceerd onder de Creative Commons Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie. Dit houdt in dat je onder de voorwaarde van naamsvermelding en publicatie onder dezelfde licentie vrij bent om:

    • het werk te delen - te kopiëren, te verspreiden en door te geven via elk medium of bestandsformaat
    • het werk te bewerken - te remixen, te veranderen en afgeleide werken te maken
    • voor alle doeleinden, inclusief commerciële doeleinden.

    Meer informatie over de CC Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie.

    Dit materiaal is achtereenvolgens ontwikkeld  en getest in een SURF-project  (2008-2011: e-klassen als voertuig voor aansluiting VO-HO) en een IIO-project (2011-2015: e-klassen&PAL-student).  In het SURF project zijn in samenwerking met vakdocenten van VO-scholen, universiteiten en hogescholen e-modules ontwikkeld voor Informatica, Wiskunde D en NLT.  In het IIO-project (Innovatie Impuls Onderwijs) zijn in zo’n samenwerking modules ontwikkeld voor de vakken Biologie, Natuurkunde en Scheikunde (bovenbouw havo/vwo).  Meer dan 40 scholen waren bij deze ontwikkeling betrokken.

    Organisatie en begeleiding van uitvoering en ontwikkeling is gecoördineerd vanuit Bètapartners/Its Academy, een samenwerkingsverband tussen scholen en vervolgopleidingen. Zie ook www.itsacademy.nl

    De auteurs hebben bij de ontwikkeling van de module gebruik gemaakt van materiaal van derden en daarvoor toestemming verkregen. Bij het achterhalen en voldoen van de rechten op teksten, illustraties, en andere gegevens is de grootst mogelijke zorgvuldigheid betracht. Mochten er desondanks personen of instanties zijn die rechten menen te kunnen doen gelden op tekstgedeeltes, illustraties, enz. van een module, dan worden zij verzocht zich in verbinding te stellen met de programmamanager van de Its Academy (zie website). 

    Gebruiksvoorwaarden:  creative commons cc-by sa 3.0

    Handleidingen, toetsen en achtergrondmateriaal zijn voor docenten verkrijgbaar via de bètasteunpunten.

     

    Aanvullende informatie over dit lesmateriaal

    Van dit lesmateriaal is de volgende aanvullende informatie beschikbaar:

    Toelichting
    Deze les maakt onderdeel uit van de e-klas 'Bio-informatica voor VWO 5 en 6 voor het vak NLT.
    Leerniveau
    VVE; VWO 6; Praktijkonderwijs; VWO 5;
    Leerinhoud en doelen
    Natuur, leven en technologie; Wisselwerking tussen natuurwetenschap en technologie;
    Eindgebruiker
    leerling/student
    Moeilijkheidsgraad
    gemiddeld
    Trefwoorden
    e-klassen rearrangeerbaar

  • Downloaden

    Het volledige arrangement is in de onderstaande formaten te downloaden.

    Metadata

    LTI

    Leeromgevingen die gebruik maken van LTI kunnen Wikiwijs arrangementen en toetsen afspelen en resultaten terugkoppelen. Hiervoor moet de leeromgeving wel bij Wikiwijs aangemeld zijn. Wil je gebruik maken van de LTI koppeling? Meld je aan via info@wikiwijs.nl met het verzoek om een LTI koppeling aan te gaan.

    Maak je al gebruik van LTI? Gebruik dan de onderstaande Launch URL’s.

    Arrangement

    IMSCC package

    Wil je de Launch URL’s niet los kopiëren, maar in één keer downloaden? Download dan de IMSCC package.

    Meer informatie voor ontwikkelaars

    Wikiwijs lesmateriaal kan worden gebruikt in een externe leeromgeving. Er kunnen koppelingen worden gemaakt en het lesmateriaal kan op verschillende manieren worden geëxporteerd. Meer informatie hierover kun je vinden op onze Developers Wiki.

  • Gebruik
    Weergave
  • Wikiwijs is een dienst van