7.1 Moord op het vliegveld
In dit hoofdstuk ga je een een misdrijf oplossen met behulp van bioinformatica. Hieronder staat de zaak beschreven.
Inleiding
Als lid van het CSI-genomics team ben je opgeroepen om te assisteren bij een crimescene. Er is een lijk van een Amerikaanse toerist gevonden op het vliegveld. Hij ligt in een soort kramp en heeft inwendige bloedingen. Naast hem is een flesje gevonden waaruit hij blijkbaar gedronken heeft, met daarin nog een restje vloeistof dat lijkt op melkresten. De vloeistof gaat naar het lab. Zodra de resultaten bekend zijn, worden ze aan je doorgestuurd. Jij hebt de taak om te onderzoeken of je aanwijzingen kunt vinden voor de dood van de Amerikaan.
Achtergrondinformatie
Het onderwerp van dit practicum is bioinformatica, het gebruik van computers bij het zoeken naar en bestuderen van informatie over genen, nucleïnezuren en eiwitten. Terwijl je aan het speuren bent naar een aantal mysterieuze eiwitten zul je in het practicum een aantal tools en databanken uit de bioinformatica gebruiken, namelijk:
- SwissProt, de databank met alle honderdduizenden eiwitsequenties die we tot nog toe kennen.
- BLAST, het programma om eiwitsequenties in de database SwissProt te vinden die heel veel lijken op (of gelijk zijn aan) de sequentie die je ingevoerd hebt.
- MRS, het zoeksysteem waarmee je zowel SwissProt als BLAST kunt gebruiken.
Dit practicum is een bewerking van het practicum 'Speur surfend in je genen' van de reizende DNA-labs en het Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC). http://www.nbic.nl/.
Meer informatie over dit practicum, de lesmaterialen en tools vind je op: http://www.bioinformaticaindeklas.nl/.
Colofon
Het arrangement Hoofdstuk 07 is gemaakt met Wikiwijs van Kennisnet. Wikiwijs is hét onderwijsplatform waar je leermiddelen zoekt, maakt en deelt.
- Auteur
- Laatst gewijzigd
- 2015-05-08 09:43:12
- Licentie
-
Dit lesmateriaal is gepubliceerd onder de Creative Commons Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie. Dit houdt in dat je onder de voorwaarde van naamsvermelding en publicatie onder dezelfde licentie vrij bent om:
- het werk te delen - te kopiëren, te verspreiden en door te geven via elk medium of bestandsformaat
- het werk te bewerken - te remixen, te veranderen en afgeleide werken te maken
- voor alle doeleinden, inclusief commerciële doeleinden.
Meer informatie over de CC Naamsvermelding-GelijkDelen 3.0 Nederland licentie.
Dit materiaal is achtereenvolgens ontwikkeld en getest in een SURF-project (2008-2011: e-klassen als voertuig voor aansluiting VO-HO) en een IIO-project (2011-2015: e-klassen&PAL-student). In het SURF project zijn in samenwerking met vakdocenten van VO-scholen, universiteiten en hogescholen e-modules ontwikkeld voor Informatica, Wiskunde D en NLT. In het IIO-project (Innovatie Impuls Onderwijs) zijn in zo’n samenwerking modules ontwikkeld voor de vakken Biologie, Natuurkunde en Scheikunde (bovenbouw havo/vwo). Meer dan 40 scholen waren bij deze ontwikkeling betrokken.
Organisatie en begeleiding van uitvoering en ontwikkeling is gecoördineerd vanuit Bètapartners/Its Academy, een samenwerkingsverband tussen scholen en vervolgopleidingen. Zie ook www.itsacademy.nl
De auteurs hebben bij de ontwikkeling van de module gebruik gemaakt van materiaal van derden en daarvoor toestemming verkregen. Bij het achterhalen en voldoen van de rechten op teksten, illustraties, en andere gegevens is de grootst mogelijke zorgvuldigheid betracht. Mochten er desondanks personen of instanties zijn die rechten menen te kunnen doen gelden op tekstgedeeltes, illustraties, enz. van een module, dan worden zij verzocht zich in verbinding te stellen met de programmamanager van de Its Academy (zie website).
Gebruiksvoorwaarden: creative commons cc-by sa 3.0
Handleidingen, toetsen en achtergrondmateriaal zijn voor docenten verkrijgbaar via de bètasteunpunten.
Aanvullende informatie over dit lesmateriaal
Van dit lesmateriaal is de volgende aanvullende informatie beschikbaar:
- Toelichting
- Deze les maakt onderdeel uit van de e-klas 'Bio-informatica voor VWO 5 en 6 voor het vak NLT.
- Leerniveau
- VVE; VWO 6; Praktijkonderwijs; VWO 5;
- Leerinhoud en doelen
- Natuur, leven en technologie; Biologische eenheid; Biologie; Wisselwerking tussen natuurwetenschap en technologie;
- Eindgebruiker
- leerling/student
- Moeilijkheidsgraad
- gemiddeld
- Trefwoorden
- e-klassen rearrangeerbaar