Verschillende factoren bedreigen de zee-natuur. Hieronder volgen verschillende voorbeelden
Vroeger gebruikten vissers eenvoudige boten om te vissen (zie afbeelding). Tegenwoordig zijn er heel moderne boten beschikbaar. Door gebruik te maken van allerlei technieken kunnen die boten veel vis vangen. Soms bedreigt dat de natuurlijke visstand. Via boomkorvisserij wordt bijvoorbeeld platvis gevangen. Nadeel van deze vorm van visserij is dat het de bodem vernielt en er veel bijvangst is.
Om ons land te beschermen tegen zeewater proberen we in Zeeland het water te beheersen. Dit gebeurt door dijken, dammen en sluizen aan te leggen. Door deze waterbeheersing zijn natuurlijke processen niet (goed) meer mogelijk.
Door klimaatverandering zullen winters natter worden en zomers droger. Wel kunnen tijdens de zomermaanden extreme hoeveelheden neerslag vallen: flinke buien dus. Dit alles heeft negatieve gevolgen voor de zee-natuur: er zijn grotere schommelingen in de hoeveelheid water en ook kunnen watergebieden te maken krijgen met verdroging.
Via de grote rivieren komen meststoffen in het zeewater terecht. Door meststoffen kunnen algen enorm gaan groeien. Omdat die algen het water troebel maken, verdwijnen waterplanten en wieren. Door afsterven van de algen neemt de hoeveelheid zuurstof in het water sterk af. Het water kan zelfs tijdelijk zuurstofloos worden. Veel dieren in het water overleven dat niet.