De bestuursrechtelijke handhaving wordt verricht door de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (RVO). Via het bestuursrecht proberen zij overtredingen te voorkomen, dan wel overtredingen te stoppen en herstellende maatregelen af te dwingen. Zij controleren ruimtelijke ingrepen en worden getipt onder andere via hun digitale meldingsformulier. Wanneer een ingreep invloed kan hebben op de natuur, kan een ontheffing worden aangevraagd. Afhankelijk van welke soorten voorkomen op de locatie moet vervolgens een 'toets' worden verricht. De keuze voor toets is afhankelijk van de tabel waar de soorten op staan die voorkomen op de locatie. De strafrechtelijke handhaving wordt verricht door de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA), ook gaan zij in opdracht van Dienst Regelingen ter plaatse om een project te controleren.
Voorbeeld: Iemand is eigenaar van een woning. Hij wil zijn dak vervangen omdat het lekt. Hij is ervan op de hoogte dat er vleermuizen onder het dak naar binnen vliegen en in de spouwmuur gaan zitten. Deze vleermuis komt toevallig voor in tabel 3 van de Flora- en faunawet. In dit geval moet de persoon een uitgebreide vergunning aanvragen en onderbouwen waarom hij deze ingreep wil doen. Het is heel aannemelijk dat de vleermuizen hinder ondervinden van zijn werkzaamheden en wellicht na de ingreep niet meer tussen de muur kunnen gaan zitten.
Verder dient ook rekening te worden gehouden met seizoenen. Vooral broedvogels kunnen overal voorkomen. Deze staan op tabel 3 en verstoring van broedvogels is zo gebeurd. Om die reden is het verstandiger om de activiteit te verplaatsen buiten het broedseizoen