Een belangrijk probleem dat vooral in vegetatief vermeerderde gewassen voorkomt is dat van plantenvirussen en –viroïden. Waarom is dit probleem nu juist zo belangrijk in deze groep gewassen? Dat komt doordat zaailingen meestal vanzelf virusvrij zijn. De plant zorgt er namelijk voor dat bijna alle zaden virusvrij zijn. Omdat we bij de vegetatief vermeerderde gewassen geen gebruik maken van zaden, blijft een kloon, als deze eenmaal virus heeft opgelopen, altijd virusziek.
Dit betekent dat veredelaars en vermeerderaars van vegetatief vermeerderde gewassen extra scherp moeten zijn op virussen. Dit kan bijvoorbeeld door vaker te spuiten tegen bladluizen (bladluizen kunnen sommige virussen verspreiden), door insectengaas aan te brengen in de luchtramen en door regelmatig te toetsen op virus. Gedurende het gehele veredelingsproces moeten de planten virusvrij worden gehouden.