Het is ook mogelijk om met röntgen, of X-ray, een beeld van het inwendige van het zaad te maken en dit dan te analyseren. Wanneer de zaadhuid doorschijnend is, zoals bij kool of paprika, kan met deze techniek in het zaad worden gekeken. Daardoor zie je het ontwikkelde embryo en andere inwendige structuren, zoals het endosperm of de zaadlobben. Aan de buitenkant kan zo’n zaadje goed lijken, maar dan blijkt dat in het zaadje zich nog geen levensvatbaar embryo heeft ontwikkeld. Ook loze zaden, dus zonder embryo, of met een misvormd embryo, worden zichtbaar. Op deze manier is het dus mogelijk om te sorteren op de morfologie van het embryo. Vooral bij slecht kiemende rassen is dit interessant, of voor een partij die een slechte oogstkwaliteit had. Deze X-ray-methode kan alleen worden toegepast op zaad dat geprimed is, dat wil zeggen, zaad dat al in een eerste fase van kieming is gebracht en waarna dit proces weer wordt stopgezet. Dit is met name bij tomaat en paprika. Door priming komt het embryo vrij te liggen in het endosperm, waardoor alle onderdelen goed zichtbaar zijn.