Als eenmaal de maat van het rietveld bepaald is, kan begonnen worden met de bouw. Hierbij wordt voor een groot deel van het werk een graafmachine gebruikt.
Eerst wordt een kuil uitgegraven op de maat van het rietveld. Daarna wordt in die kuil de folie gelegd. Bij het Prinsentuincollege is in de kuil ook nog een bak van houten platen gezet om een mooie rechthoekige vorm te krijgen. De folie is over de randen van die bak omgevouwen. Waar bij de bouw goed op gelet moet worden, is dat de bodem van het rietveld niet te diep ligt. Anders kan het water uit het filter niet meer weglopen naar de sloot of de vijver waar het heen moet. Daarom ligt het rietveld bij het Prinsentuincollege een beetje in een heuveltje boven de grond. Het zand dat uitgegraven is uit de kuil, wordt dan gebruikt om rondom het rietveld een schuin talud aan te leggen. Hier kunnen dan later weer plantjes op gezet worden of er kan gras ingezaaid worden.
Als de folie geplaatst is wordt aan de onderkant een gat gemaakt om de afvoerbuis doorheen te steken. Dit gat moet natuurlijk daarna weer waterdicht gemaakt worden rond de buis. Daarna worden de drainagebuizen in het filter gelegd en aangesloten op de afvoerbuis. De drainagebuis wordt dan met behulp van de graafmachine afgedekt met een laag grind.
Op de grindlaag komt dan vervolgens de filterdoek en dan wordt het rietveld verder gevuld met de zandlagen. De onderste helft wordt gevuld met zand gemengd met kalksteen. Dan komt een laag zand met ijzervijlsel en dan nog een laag schoon zand. Het mengen van zand met ijzer en met kalksteen gebeurt voordat het zand in de foliebak wordt gebracht. Ook dit gebeurt weer met de graafmachine.
Het is belangrijk dat bij de aanleg van een helofytenfilter het juiste zand gekozen wordt. Te fijn zand, bijvoorbeeld leem of lemig zand, kan niet gebruikt worden omdat het water daar heel slecht doorheen zou zakken. Te grof zand zoals metselzand is ook weer niet goed. Als het afvalwater te snel door het filter zakt, hebben de bacteriën te weinig tijd om het te zuiveren.
Als het filter helemaal met zand opgevuld is, wordt de bovenkant van de zandlaag heel precies waterpas gemaakt. Dit is belangrijk om ervoor te zorgen dat het water als het op het rietveld gepompt wordt niet allemaal naar één kant stroomt maar heel gelijkmatig over het hele oppervlak verdeeld wordt.
Na het waterpas maken van het zand worden de bevloeiingsleidingen gelegd en afgedekt met een nieuwe laag grind. En als laatste worden in dat grind de plantjes gezet. Meestal gebruiken we alleen rietplanten. Riet is het meest geschikt voor zuivering van afvalwater omdat het diep wortelt en goed tegen vervuling kan. Maar ook andere helofyten kunnen gebruikt worden. Dit kan zeker als het water niet teveel vervuild is, zoals bij het vijverfilter bij Prinsentuin. Hier zijn ook andere helofyten gebruikt.